明治３７年に頓別原野１９線に徳島県から高藤嘉平ら一行が入植し、人跡未踏・食料不足の中で開墾をしたのが下頓別の始まりで、その７年後には、有志らが寄付金を募り２１線（現在の高砂地区）に木造平屋建て２４坪の校舎を新築しました。明治４３年５月１日には、斜内教育所所属頓別第３教授場として授業を開始したのが始まりです。
　以後、林業・農業の発展により下頓別市街地を形成するようになり、児童数も増加して大正９年には４教室の校舎の落成となりました。昭和１７年には、原因不明の火災で全てを紛失しましたが、翌年１１月には管内的に誇れる新校舎が完成しました。
　昭和２２年には学校制度の改正により中学校が新築され、下頓別小学校と名称を変え、地域の産業の発展によって児童数も増加し昭和３４年には児童数２６７名を数えるようになりました。昭和４３年の学校移転については、樹齢５００年と推定される「はるにれ」の大樹の傍に立てる事になりました。「この木のように、大地にしっかりと根を張り、天に向かって立つように・・・・。」という願いを込めて現校舎の位置を決めたと言われています。

●進んで学び　やりぬく子どもを育てる。【知】
　　・よく見つめ　深く考える子
　　・見通しをもって　がんばる子ども
●豊かな心で　みがきあう子どもを育てる。【徳】
　　・感謝する心のもてる子
　　・思いやり　やさしさのある子
●明るく　元気で　たくましい子どもを育てる。【体】
　　・進んで体をきたえる子ども
　　・だれとでも　仲良く遊ぶ子